До проведения драфта юниоров Центральное скаутское бюро КХЛ подготовило два предварительных списка игроков, в один из которых были включены хоккеисты, выступающие в России, а во второй - за ее пределами.
Процедура драфта состояла из 4 раундов. Первоначальные номера очередности выбора клубы получили в соответствии с местом, занятым по итогам регулярного чемпионата 2008/2009, но некоторые из них были изменены после обменов между клубами, а также в ходе самого драфта. Представители команд охотно пользовались возможностью такого обмена.
Под первым номером в первом раунде драфта был выбран защитник «Мечела» Михаил Пашнин. Его задрафтовал ЦСКА, который за несколько минут до начала драфта выменял право первого выбора у минского «Динамо» за возможность собственного выбора в первом, втором и третьем раундах. Защитник «Модо» Виктор Хедман, шедший в квалификационном списке иностранных игроков под вторым номером, выбран в четвертом раунде «Спартаком» под общим 83 номером.
Справка
Выбор хоккеиста на драфте юниоров КХЛ закрепляет за клубом спортивные права на этого игрока и не обязывает игрока немедленно разорвать контракт со своим нынешним клубом и подписать новый контракт с клубом КХЛ.
Клуб обладает исключительным правом заключения контракта с выбранными на драфте выпускниками российских хоккейных школ и игроками, выступающими в России до 30 апреля того года, в котором игроку исполнится 22 года. Срок этого контракта, а также контракта с игроками защищенными от участия в драфте, также должен истекать 30 апреля того года, когда игроку исполнится 22.
Право на заключение контракта с хоккеистами, выступающими за рубежом, сохраняется за клубом до 30 апреля того года, в котором игроку исполняется 28 лет.
С защищенными от участия в драфте хоккеистами клуб должен подписать двухсторонний контракт (КХЛ/МХЛ).
Если клуб, выбравший игрока на драфте, не предлагает ему заключить контракт до 1 августа 2009 года, игрок получает право выступать за любой клуб в любых соревнованиях по хоккею, за исключением соревнований КХЛ.
Если игрок отказывается заключить контракт с выбравшим его клубом, последний сохраняет за собой права на такого хоккеиста до 30 апреля того года, в котором игроку исполнится 28 лет.
Игрок, не выбранный на драфте, имеет право заключить контракт с любым клубом.